ご本尊
清昌寺の本尊
釈迦牟尼佛
(しゃかむにぶつ）
昭和４５年、本堂再建の際に新本尊として開眼。
妙心寺管長６３７世 梶浦逸外老大師の御縁により京都の吉岡仏師に請う。
本堂再建前のご本尊様
清昌寺に昔から祀られていた本尊様。
現在は秘仏十一面観世音菩薩の厨子の前に安座しています。
清昌寺の秘仏
秘仏十一面観世音菩薩
（じゅういちめんかんぜおんぼさつ）
秘仏 十一面観世音菩薩
清昌寺の開基である笠原陶祖、加藤治郎太夫の念持佛であると伝えられています。
作者、時代ともに不明。厨司は明治時代に新調されたのもの。
通常は厨司の扉が閉まっていて見ることができませんが、七年毎に一度
（卯年と酉年）御開帳が行われています。
「御開帳」の年には盛大に三日間「御開帳法要・観音まつり」が行われます。
普門閣の安座佛
半跏地蔵菩薩
（はんかじぞうぼさつ）
清昌寺開山北隠和尚の二十五回忌に、寺門安全、檀信帰崇を祝し、崇禅寺八世要山宗三和尚より、寛保２年（１７４２年）、５月５日に寄進されました。
厨司の左扉には、白色白蓮華を持ち、法性を整え御する「掌善童子」、
右扉には赤色金剛書を持ち、無明を降伏させる「掌悪童子」が描かれています。
平成１１年、厨司ともに当時のまま修復。平成１１年に建立された普門閣に安座しています。
弘法様
（こうぼうさま）
その脇には文政６年（１８２３年）１１月に作られた弘法様がお祀りしてあります。
文殊菩薩
（もんじゅぼさつ）
二階の研修道場には智を司る文殊菩薩が安座しています。
文化財
清昌寺の涅槃図
涅槃図とは、紀元前３８６年、沙羅双樹の下で、頭を北に右脇を横にして入滅されたお釈迦様のもとに集まった弟子、菩薩、羅漢、鳥獣が悲嘆にくれている情景を描いたものです。
清昌寺の涅槃図は、作者や製作年代などの詳しいことは判っていませんが、弘化二年（１８４５年）に修理されているので、江戸時代中期の作とみられます。
夏椿を描いたとみられる沙羅双樹が、新緑のものと紅葉したものが混在し、いずれも白い花ではなく赤い実が描かれています。
多くの涅槃図は釈迦が右手を枕とする姿勢ですが、この涅槃図は右手を面前に添えています。禅宗の寺院の多くが涅槃図を所蔵しています。
清昌寺では釈迦入滅の日にあたる２月１５日（清昌寺では新暦）に涅槃会厳修し、この涅槃図を本堂に一般公開します。
平成５年３月１２日、多治見市有形文化財に指定。